发酵食品:真的吗?

自从大流行开始以来，每当有人接受冠状病毒检测时，几乎总是使用一种叫做PCR的东西。这台机器寻找病毒本身的遗传密码，并将其与作为模板的“基因序列”进行比较，这样它就能说，“是的，这是真正的SARS-CoV-2”。但最近的一项分析发现，许多被广泛使用的模板实际上不再与冠状病毒的版本匹配。也就是说，它的基因发生了微小的突变，因此一些检测可能会遗漏它——这被称为“假阴性”。Phil Sansom听取了研究作者Kashif Aziz Khan的意见……

我们研究的27个测试中有7个与病毒基因组不匹配。不一定是错的，因为不是每一次错配都会导致假阴性，但它们是有可能的。特别是某些测试是在疫情爆发早期开发的，当时只有很少的序列可用。在我们的研究中，我们使用了17000个序列。所以这个测试还有改进的空间。

菲尔-这似乎是个大问题，不是吗?你认为这可能会错过多少冠状病毒病例?

Kashif:与其他因素相比，很难给出这些不匹配的具体数字，但估计有高达30%的假阴性。我们不能把所有的假阴性由于不匹配。其中一个主要因素是采样时间，但我认为部分原因可能是这些不匹配。

菲尔-这些是寻找病毒的测试，什么遗传密码?

Kashif -是的。这些被称为聚合酶链反应。在PCR中，DNA被扩增。在冠状病毒的情况下，它是RNA，所以我们将RNA转化为DNA，然后用PCR扩增DNA。

Phil -你是说那些PCR测试，他们是在寻找病毒的遗传密码，它的RNA。实际上病毒现在看起来完全不同了。

我不会说所有这些测试都没有检测到病毒，或者病毒现在完全不同了，但有一些小的变化。这些小的突变，我们不应该担心因为不是所有的突变都是坏的。这些都是小变化。它还没有发展成一个单独的菌株。

为什么有27种不同的测试?

在疫情爆发的早期，世界各地不同的国家组织开发了某些测试。除了我在文献中发现的这27种，还有许多其他的由不同的商业制造商正在开发。

菲尔-你发现27个不匹配的球中有7个，它们现在被用在哪里?

Kashif -实际上，大多数都在世界各地使用。就像其中一个被广泛使用的测试一样，它有一个不匹配的地方。所以我们需要改进它。这就是我们的建议。此外，许多不同的国家正在使用商业测试。对于这些，我不能把它们包括在我的研究中因为这些测试的信息是不可用的。

这也适用于聚合酶链反应测试以外的测试吗?因为我知道人们肯定对寻找更快或更便宜的东西感兴趣。

卡西夫:所以这适用于任何分子测试，即使它不是聚合酶链反应。如果测试的目标是精确的区域，我们可以检查该区域的变化程度。这就是这项研究的目的，把这些信息放在那里。我们有一个易于使用的管道，任何人都可以在普通电脑上使用，因为我们使用的都是开源的自由软件。

菲尔-这就是你想要传达的信息。你是说，来找我，检查你是否在找正确的病毒片段。

Kashif -是的。

开菲尔是一种发酵的牛奶饮料，在过去的几年里，它开始出现在英国的超市里。但事实上，它是一种古老的饮料，充满了活细菌，并附有一系列健康声明。哪些是真的，哪些是空话?菲尔·桑索姆从爱尔兰APC微生物组的保罗·科特那里听到……

保罗-开菲尔是一种发酵的牛奶，它是通过在普通牛奶中加入开菲尔谷物而制成的。它进行发酵过程;谷物中的一些有益细菌进入牛奶，开始在那里生活，生长和生产东西;第二天早上，从牛奶中取出开菲尔颗粒，用筛子或其他方法;然后你把谷物放进新鲜的牛奶里，重新开始这个过程。

菲尔-好吧。开菲尔到底是什么?

保罗:这是一个联合体，一个群体，或者是许多不同微生物的集合;成千上万种不同的微生物聚集在一起。它的外观很像一个小花椰菜，它的质地有点黏糊糊的。细菌……混合物中的某些细菌产生一种叫做keferin的多糖——一种复杂的糖——使所有不同的细菌和酵母聚集在一起。

菲尔:你说这是一种谷物，它是从植物中提取出来的吗?

保罗-不，所以谷物这个词是用词不当，所以它不是…它不能准确地反映它的来源。它最初主要在东欧发展;有证据表明中东也在生产开菲尔。当时的想法是，农民将一些牛奶储存在袋子里，这些袋子可能来自小牛的胃或山羊的胃，但由于小牛胃中存在的不同微生物以及牛奶中不同的营养成分，它们在那里自然形成。随着时间的推移，单个的开菲尔颗粒在家族中流传因为每次你发酵牛奶时，颗粒会变得更大，最终它会断裂成两半。在家庭或特定社区中，人们会自己保留一种谷物，然后将其他谷物传给他们的朋友、兄弟姐妹或孩子。这将一遍又一遍地传递下去。

菲尔:今天它是从哪里来的?有人在做新的吗?

保罗:在大多数情况下，人们使用的谷物是他们继承的或从别人那里得到的。我们研究了世界各地许多不同地方的开菲尔，我们通过Ebay或Facebook的请求得到了它们。所以现在分享它们变得更加容易了。但因为它们变得如此受欢迎，世界各地都有不同版本的开菲尔谷物。在某种程度上，西方社会只是重新发现了它们，但它们一直都在幕后。事实上，有一种观点认为可能长期以来发酵食品的摄入不足可能导致了西方社会中与肠道相关的一些问题以及过敏水平的提高等等。

菲尔:如果有，他们填补了什么空白?当你把开菲尔谷物放入牛奶中时，它们会做什么?

保罗，我想从宏观的角度来看，在西方社会，争论的焦点是我们没有接触或摄入足够的健康微生物，在我们的生活中没有足够的微生物。因此，由于卫生水平的提高和抗生素的过度使用等等，我们的身体就不太习惯处理微生物了。当遇到有害微生物时，有时我们的免疫系统会反应过度。这就是为什么炎症性肠病和过敏等疾病会增加很多的原因。特别回到开菲尔的问题上谷物中各种不同的微生物进入到牛奶中，其中一部分微生物非常喜欢牛奶，它们在牛奶中生长得很好。所以他们可以去除乳糖，这意味着乳糖不耐症的人可以食用它。然后通过与肠道相互作用或接近，它们也可以产生化合物并引发不同的反应。所以它们会被免疫系统感知。在某些情况下会抑制免疫系统，在这种情况下，有人很容易受到高度炎症的影响。它们产生的其他一些分子可能是神经递质——一种我们通常认为存在于大脑中的化合物，它向大脑发送信号，告诉我们应该感觉好还是坏; but we also have lots of neurotransmitters in our gut. And so we can impact on their levels of, we think at least, that we're impacting on our levels of anxiety and stress and so on by virtue of consuming these as well. And then there's lots of other evidence to suggest that the microbes can remove cholesterol, remove cholesterol from food products. There's a multitude of other different things that fermented food microbes can do.

菲尔-天啊。听起来像是混合了不同效果的鸡尾酒。我怎么能确定这不是，不管什么“大健康”，只是试图推广一种新产品，它真的只是花哨的酸奶?

保罗:是的。这是我的一个担忧，因为我同意西方社会现在几乎走向了另一个极端，那就是过度销售发酵食品。我们是坚持要求进行良好的，标准的科学和人体测试和试验的人之一，以便明确地支持单个发酵食品的作用。