《鸟的内心世界

鸟能做令人惊奇的事情。让我们看看机翼下面……
2020年8月18日
提出的菲尔·桑塞姆

蜂鸟

一只正在飞行的蜂鸟。

分享

微博推特!我们谈论的是鸟类,以及它们能做的不可思议的事情。今天,我们将重点介绍鸟类遗传学领域最近最酷的五个故事:蜂鸟为闪电般的飞行提供动力;迁移基因控制迁移的基因;为什么雄性和雌性的颜色不同;光污染如何使麻雀病得更重;还有被困在西伯利亚冰层下数千年的鸟……

在这一集里

一只正在觅食的蜂鸟。

00:31 -蜂鸟如何为它们的快速飞行提供动力

蜂鸟可以向后和倒立飞行,并使用一些独特的新陈代谢技巧来做到这一点……

蜂鸟如何为它们的快速飞行提供动力
约翰霍普金斯医学院的Ariel Gershman说

蜂鸟是世界上最小的鸟。它们实际上可以在半空中盘旋,在鸟类中是独一无二的,它们可以向后和倒立飞行。其中最快的一只翅膀每秒钟扇动80次以上。所有这些空中特技都需要一些独特的能量和新陈代谢技巧——菲尔·桑索姆从约翰·霍普金斯医学院的阿里尔·格什曼那里听说,他一直在试图找出基因中是什么让这一切成为可能……

我们对蜂鸟的代谢通量很感兴趣。它们能够维持极高的新陈代谢和极高的血糖,对大多数人来说,这被认为是糖尿病;但蜂鸟能够做到这一点,而不会患上任何与糖尿病相关的疾病,比如失明、肾病,以及人类长期保持高血糖经常会遇到的所有其他问题。

菲尔-通量部分是什么?它的变化是否非常快?

阿里尔-通量就是他们能够做到的快速变化。所以当蜂鸟进食时,它们从花蜜中摄取糖,它们几乎可以完全利用糖来促进新陈代谢,或者它们如何分解糖来产生能量。但一旦它们停止进食,它们必须迅速改变新陈代谢,以便能够利用储存在体内的脂肪来获取能量,为它们能够完成的极其昂贵的悬停飞行提供动力。因此,如果它们不能如此迅速地转换新陈代谢,从进食状态转换到禁食状态,它们就无法继续飞行。

菲尔:哦,天哪,这听起来就像那些在冬天冬眠,然后在夏天吃完所有东西的动物,但是在什么时候,几分钟?

艾丽尔-是的。在30分钟的过程中,他们能够快速地将这种进食代谢转换为禁食代谢。

菲尔:你到底在做什么来研究你所说的这种代谢通量?

我们首先要对它们的整个基因组进行排序。一旦我们把整个基因组放在一起,我们就必须找出基因组中基因的位置。因为只有大约1%的基因组实际上编码了最终产生蛋白质的基因。然后我们对所有蜂鸟的RNA进行了测序。如果你能想象的话。基因组就像是构建生物体的蓝图,而RNA更像是让生物体得以生存和延续的物质。

菲尔:那你是怎么做的呢,DNA和RNA都要做?

Ariel -我们主要关注的是所谓的长读测序。有些人称之为第三代测序。典型的,或者说DNA测序的黄金标准,是现在的第二代测序。在第二代测序中,它非常精确,但我们一次只能得到一小段DNA。在第三代测序中,我们实际上是对这些非常非常长的DNA分子进行测序。如果你能想象,当你在拼一个拼图的时候,用更少的大的拼图比用更多的小的拼图要容易得多。然而,长读序列会失去一点准确性,所以更有可能出现错误。

菲尔:你会做些什么来弥补吗?

艾丽尔-是的,我们有。一旦我们从长读数据中得到了整个结构,我们就用准确的短读数据来修正它。这个过程在这个领域我们称之为杂交基因组组装。

菲尔:哇。顺便问一下,这个工作有多大?蜂鸟有多少个基因?

哦,一只蜂鸟有大约20到3万个基因。实际上和人类没有太大区别。

菲尔:是的,要通过很多基因…

艾丽尔-是的。实际上,基因组中编码基因的区域并不是最难的部分;实际上是基因组的其余部分,我们对它的作用知之甚少,这实际上是基因组组装最难的部分,因为很多基因组是由重复的DNA组成的。如果你可以想象,如果你有一个同样的拼图在多个地方,你真的不知道它到底去了哪里。

菲尔:在那种情况下你会怎么做?

阿里尔-较长的阅读实际上对我们有很大帮助。因为当我们有了重复序列,如果我们能得到它两边的信息我们就能把它固定在基因组的正确区域。

菲尔:那么,你给这些蜂鸟一顿丰盛的大餐,然后取一堆血来获取它们所有的DNA和RNA,还是怎样?

艾丽尔-我们实际上取走了它们的肝脏和肌肉组织。这些是非常重要的代谢组织。

菲尔:有了这些令人难以置信的第三代测序,你在里面发现了什么?

阿里尔-哇。我希望我能治愈糖尿病或其他疯狂的东西……但我们在甲状腺激素的表达上发现了很多差异,这与我们预期的一致。我们真正在寻找并希望找到的是这些葡萄糖转运蛋白。对于葡萄糖是如何进入蜂鸟细胞的,以及它是如何如此迅速地发生的,我们知之甚少。蜂鸟似乎没有很多人类拥有的允许糖进入细胞的基因。那么它是如何进入蜂鸟体内的呢?我们还不知道。我们真的很希望能弄清楚。

菲尔:你现在有什么个人最喜欢的理论吗?

Ariel -我认为我们正在寻找的这种葡萄糖转运蛋白我们认为在蜂鸟中不存在……我认为它可能在那里,只是它在基因组的一个区域,它是如此的重复,以前的人研究过它,没有能够找到它,因为这个重复的问题。

南美洲的高架地图。

06:28 -莺的迁徙受到单一基因的影响

许多鸟飞到南方过冬。在莺身上,这种基因似乎部分地控制着它们的去向……

莺的迁徙受单一基因的影响
David Toews,宾夕法尼亚州立大学

许多鸟类在冬天飞到赤道很远的地方,夏天又飞到别处,试图在季节温度变化之前保持领先地位。现在,动物学家发现了一种基因,似乎可以帮助控制它们的去向。它是如何工作的?就像人体内的一种基因可以帮助他们跑得更快一样,这种基因可能会让一群莺比它们的邻居飞得更远。Phil Sansom从宾夕法尼亚州立大学的David Toews那里听到……

大卫:我们发现了这个基因,我们认为它是导致新热带候鸟迁徙差异的原因,

菲尔:真的吗?基因控制着它的迁移?我还以为这些都是它小时候学的东西呢。

大卫-是的,这些小鸣禽,没有人告诉它们该去哪里。

菲尔:太棒了。那么这些鸟是什么呢?

大卫:这些是新热带候鸟。大约有110种,但我们实际上只关注了两种:金翅莺和蓝翅莺。

菲尔-这些是什么样子的?

大卫:它们颜色很鲜艳;但蓝翅莺,不像他们的名字,实际上几乎完全是黄色的,有一个小黑色的面罩;金翅莺看起来非常不同,它们大部分是白色的,它们有一个非常明显的黑色面罩和喉咙。他们在基因上非常相似。

菲尔:它们迁徙的时候会去哪里?

这些鸟主要生活在美国东部和加拿大,但它们会迁徙到中美洲和南美洲。

菲尔-你是怎么弄明白的,然后追踪一只鸟到,我不知道,中美洲?

大卫:这实际上是最棘手的部分之一;跟踪一只12克重的小鸟的整个年周期在后勤上是非常困难的。我们不能把GPS追踪器放在一只鸟身上,因为为它供电和传输数据所需的电池和鸟一样重。所以我在托莱多大学的合作者使用了这些非常巧妙的光记录器;这是一个小背包,你把它放在鸟类繁殖的地方,它可以全天捕捉被动光。长话短说,如果你知道日出、日落和正午的精确位置,你就能估计出纬度和经度。现在你必须在第二年抓住这只鸟,从这些背包里下载数据,因为它们没有传输的能力。所以你不可避免地…因为这些鸟会分散,有些在迁徙过程中并不能全部存活下来。如果你足够幸运,或者有足够的钱拿出足够多的背包,并拿回足够多的背包,你就可以看到这些迁徙的莺的个人活动。

菲尔-好吧。所以你在学习鸟儿的去向。然后,怎么,把它和基因比较?

大卫:是的,在那些一路飞到南美洲的鸟类和那些飞到中美洲的鸟类之间,存在着巨大的差异。然后我们使用了全基因组重测序。我们发现这与鸟类性染色体的一个区域有很强的联系,在这个区域,我们发现了一个基因;这个基因是VPS13A。

菲尔-哦,太拗口了。

大卫:是的。这基本上涉及到细胞核和线粒体之间的串扰。这是一种允许脂质来回移动的看门人蛋白质。

为什么这是移民的问题?我不明白。

大卫-是的。这就是6500万美元的问题,我们不知道。有一些建议认为它参与调节这些与压力相关的分子产物,称为活性氧。这些都是有害的副产品,即使是你和我在锻炼时也会产生。所以对于这个基因的不同变体的解释是它帮助调节产生的压力副产品的数量。但除此之外,我们实际上对这个基因的作用并没有明显的线索。

菲尔:如果你是对的:如果你有这种基因的一个版本,你会飞,你会受到一点压力,你会下降,你在中美洲;但如果你有另一个版本,你就不会有那么大的压力,你可以继续飞一段时间,一直飞到南美洲。

大卫-对,就是这个主意。

雌雀(左)和雄雀(右)。

11:43 -为什么马赛克金丝雀有性别二色性

这被称为两性二色性——在马赛克金丝雀中,一个基因似乎会造成差异……

为什么马赛克金丝雀有性别二色性
波尔图大学的Malzorgata Gazda

你在许多鸟类身上看到的一个特征被称为性别二色性,这是一种科学的说法,雌性和雄性的颜色不同。例如,想想绿头鸭,或者比较彩色孔雀和棕色孔雀。有一种金丝雀也有这种特征,它被称为马赛克金丝雀,它是其他金丝雀和一种叫做红雀的鸟的杂交品种;现在,来自葡萄牙波尔图大学的科学家们发现了一种似乎可以调节两性二色性的基因。Malgorzata Gazda向Phil Sansom解释道:

Malgorzata -我们发现了一种基因,它可以调节鸟类的性别二色性,即雄性和雌性之间的颜色差异。

菲尔:这很常见,对吧?很多鸟的雄性和雌性都有不同的颜色。

Malgorzata:是的。其中一些会有类胡萝卜素着色,所以红色、橙色或黄色着色;他们中的一些人也会有黑色素,所以更多的是棕色和黑色。

菲尔:你到底在看什么鸟?

Malgorzata -国内金丝雀。但为了使它们具有两性二色性,繁殖者将金丝雀与红黄雀杂交,然后它们就得到了我们称之为马赛克金丝雀的品种。

菲尔:那么这个马赛克金丝雀,是和红黄雀杂交的。这只金丝雀有其他金丝雀没有的性别二色性?

Malgorzata:是的。野生金丝雀,它们有非常轻微的性别二色性。但是大多数家养的金丝雀,通常雄性和雌性看起来都一样。

菲尔-那马赛克金丝雀是什么样子的?

Malgorzata -红色或黄色。然后雄性会在面部、翅膀和尾巴的羽毛上积累大量的类胡萝卜素色素。

菲尔:这些红色或橙色的鸟漂亮吗?

Malgorzata:是的。真的很漂亮。但是所有的金丝雀都很漂亮!

菲尔:那你是怎么研究基因的呢?

Malgorzata -我们对几种金丝雀的基因组进行了测序。我们在普通金丝雀和马赛克金丝雀的基因组中发现了一个非常明显的分化区域。这个地区和红黄雀一样;这证实了这个区域是从红黄雀皮中引入的。这个区域编码三个基因,令人兴奋的是BCO2 - β -胡萝卜素加氧酶2 -是参与类胡萝卜素代谢的基因。所以这个基因,基本上是去除组织中的色素。

菲尔-哦,我以为你会说他们从红西葫芦中获得了一种产生类胡萝卜素的基因,而不是一种去除类胡萝卜素的基因。

Malgorzata:是的。令人兴奋的是,事实正好相反。

菲尔-这很奇怪,对吧?

Malgorzata -是的。有一点。所以实际上,雌性必须付出很大的努力来去除色素,而不是将其沉积在羽毛上。

Phil -这个基因在雌鸟和雄鸟身上的作用怎么会不同呢?

Malgorzata -这可能是由荷尔蒙调节的。当它活跃的时候,雌鸟会去除色素,而雄鸟的基因不活跃,所以它们最终会把色素沉积在羽毛上。

菲尔:这能告诉你这些鸟是如何进化的吗?

Malgorzata:是的。因此,拥有一个调节性状的大效基因有助于进化得很快,它们可以很快地获得或失去性状。

菲尔:所以你是说,事实上,它都是由一个东西控制的,这意味着你可以很容易地关闭和打开那个东西?

Malgorzata:是的。精确。

一只家雀。

17:07 -光污染使麻雀病得更重

携带西尼罗病毒的麻雀在光照下被感染的时间更长——这意味着疾病的传播。

光污染使麻雀病得更重
Meredith Kernbach,南佛罗里达大学

冠状病毒似乎是从蝙蝠那里传播给我们的,可能是通过穿山甲等第三方传播的。如果是这样的话,这将远远不是第一次动物病毒决定人类看起来足够相似,从而进行跳跃-想想禽流感,疯牛病,甚至艾滋病毒。因此,南佛罗里达大学的动物学家一直在研究动物与人类密切生活的方式,特别是测试光污染如何影响携带一种常见但危险的疾病——西尼罗河病毒的麻雀。菲尔·桑索姆从梅雷迪思·克恩巴赫那里听说…

梅雷迪思-家麻雀,当它们在夜间暴露在光线下时,它们也无法应对西尼罗河病毒的感染。他们患病的时间更长,实际上可能更容易死于这种疾病。

菲尔-所以光线似乎在某种程度上影响了他们的健康?他们就不能对付病毒吗?

梅瑞狄斯-对。正确的。因此,个体实际上患病的时间更长,这可能会增加他们在其所在地区引起西尼罗河病毒爆发的机会。西尼罗河病毒是在美国、欧洲和非洲传播给人们的病毒之一。基本上,我们对为什么这些疾病会蔓延很感兴趣。所以我们选择了夜晚的光因为我们也知道夜晚的光正在迅速扩展到所有大陆,当然除了南极洲;但我们知道它还有很多其他的负面影响。

菲尔-那你对郊区麻雀的看法是什么?大概你不会真的把携带病毒的麻雀放到一个漂亮城市的郊区。

梅瑞狄斯-对。所以我们在圈养环境中进行了实验感染,这有它的警告,因为它是远离自然的。这些麻雀基本上被安置在房间的一边,我们安装了一个小灯泡,就像你家里的灯泡一样,在房间的另一边,在一个你可能在自然界中发现的足够暗的水平上。

菲尔-然后你给他们一点病毒?

梅瑞狄斯-对。所以我们让他们接触到少量的病毒。

那是什么样子一只感染了西尼罗河病毒的麻雀?

梅瑞狄斯:这取决于麻雀。有很多不同的变体。有些鸟会蓬松起来或看起来无精打采,而有些鸟你甚至永远不会知道它们生病了。

菲尔-如果很难判断这些鸟是否真的生病了,那么你用什么来测量光污染对它们的影响有多严重?

梅瑞狄斯:我们会测量一个人的体重,这表明他们应对疾病的能力。你可能会认为一只体重下降很多的鸟是一只病得很重的鸟。然后我们也会取一个血液样本来测量有多少病毒在循环,或者通过他们血液样本中有多少病毒来测量他们的病有多严重。

菲尔-你发现了什么?光污染有多严重?

梅雷迪思:光污染实际上对这些麻雀来说是一个相当大的问题。夜间暴露在光线下的麻雀血液中的病毒含量要高得多。褪黑激素可能与此有关。这是一种夜间分泌的激素,但在夜间暴露在光线下的鸟类体内会被抑制。褪黑素是免疫系统的调节器,这意味着,如果没有褪黑素,你的免疫系统可能会完全紊乱。另一个机制是免疫系统会在一天中波动。所以某些免疫细胞的浓度可能更高,或者在白天可能有更多的一个免疫细胞。因此,当他们不再有明暗的区别时,他们的免疫系统可能会因为不知道现在是一天中的什么时间而变得混乱。

菲尔-现在,我们在裸遗传学节目。你能从这些麻雀的基因中找到什么线索吗?

梅瑞狄斯-没错。因此,在另一项研究中,我们进行了转录组分析,这基本上告诉我们,为了应对西尼罗河病毒感染,麻雀上调了哪些基因。在夜间暴露在光线下的鸟类,会上调这些与病原体抗性相关的基因;这是违反直觉的,因为你会认为携带更多病毒的鸟类会有更差的抵抗力,但这些携带更多病毒的鸟类实际上更早地上调了这些途径。我们还从其他一些基因特征中发现,在夜间暴露在光线下的个体会遭受更多病原体引起的损害,这意味着遭受更多的感染。

菲尔-嗯。因此,无论光线对这些鸟类造成了什么影响,它们的基因都在拼命地追赶。

梅瑞狄斯-没错。

冰鸟,一种埋在西伯利亚永久冻土下46000年的角云雀。

22:37 -冰鸟埋葬了46000年

来看看隐藏在西伯利亚永久冻土下的古老鸟类吧……

冰鸟埋葬了46000年
古遗传学中心的爱·达尔萨姆

来看看冰鸟,这是在西伯利亚永久冻土下发现的宝藏。斯德哥尔摩大学的Love dalsamom向Phil Sansom讲述了这个故事。

爱——早在2018年,我就参加了一个研究探险队,前往西伯利亚东北部一个名为贝拉亚戈拉的地方,与寻找猛犸象牙的俄罗斯象牙猎人一起进入这些永久冻土隧道。当我们在那里的时候,一个当地的俄罗斯人从一个隧道里出来,手里拿着一个很小的东西。结果发现它是一只非常小的鸟,看起来保存得非常完好。

菲尔-它是什么样子的?

爱——它有点脏,有点湿,但除此之外,它基本上看起来就像一只几天前刚死的鸟。

菲尔-就像一只普通的棕色鸟?

爱——是的。我的意思是,考虑到它部分被融化的永久冻土覆盖,这是泥泞的,一开始给人一种非常悲伤的印象,考虑到它是湿的等等;但很明显,当我们清理它的时候,所有的羽毛和整体形状都被保存了下来,你可以看到它的胃上有一个小伤口,你可以看到一些肠道和类似的东西。所以看起来真的像是几天前刚死掉的东西。

菲尔-你给这只鸟起名字了吗?

爱——最初我们一直叫这只鸟冰鸟。

菲尔-你不知道那是什么鸟吗?

爱——我们不知道它是什么鸟,什么物种……

菲尔-你是怎么想出来的?

爱——我们用羽毛进行放射性碳测年。这是一种可以用来非常准确地确定老标本年龄的方法。事实证明,这部分有46000年的历史。

菲尔:太老了!

爱——它异常古老。这非常接近放射性碳测年的实际极限。

菲尔-你知道那是什么鸟吗?

爱——是的。然后我们提取了这只鸟的DNA并对其进行了测序,这只鸟来自一种叫做角云雀的物种。

菲尔——有角的云雀……

爱-这是一种小雀鸟,栖息在北半球的一个大分布。

菲尔-在西伯利亚冰川中生活了46000年后,DNA的状态是什么?

爱——DNA处于相当糟糕的状态。正常情况下,DNA分子是非常长的,随着时间的推移,它们会分裂成越来越小的片段,这就是这个样本中的DNA。最重要的是,DNA也被环境中的DNA污染了:沉积物中的植物,以及可能在鸟死后感染的细菌,等等。通过对那里的大量DNA进行测序,我们可以挑选出一些实际上来自鸟类本身的DNA序列,然后我们可以把整个线粒体基因组拼在一起:线粒体内的小基因组,线粒体是所有动物细胞中的小发电站。

菲尔-线粒体看起来像今天的角云雀的线粒体吗?还是说"很明显这是老线粒体"

爱——这只鸟显然很老了,因为它看起来不完全像现代的角云雀。今天,角云雀被分为许多不同的亚种。我们可以证明的是,这种特殊的鸟实际上似乎属于一个种群,这个种群是今天存在的两个亚种的共同祖先。

Phil -所以这是在这两个物种是两个之前;这是原版吗?

爱——是的。在两个亚种进化之前。

菲尔:这能告诉你这两个亚种是如何进化的,或者它们是什么时候进化的吗?

爱——我们认为是爱。这两个亚种,一个生活在俄罗斯最北部,另一个生活在蒙古的大草原上。所以我们认为,在最后一个冰河时期,环境是由不同的栖息地类型组成的。在最后一个冰河时代结束时,这种马赛克形成了我们今天所知的大型生物群系。所以我们确实认为,当环境本身分层形成这些大规模的生物群系时,角云雀也是如此,向北和向南都是如此。

菲尔:这只鸟受伤了,飞到冰上之类的地方,然后在46000年后告诉你两个不同亚种是如何形成的,这是多么不可思议啊?

爱——这很神奇,不是吗?这么古老的东西保存得如此完好。这有点像使用时光机,我们可以回到过去,看看进化的变化。

菲尔-也许是因为我昨晚看了《侏罗纪公园》,但感觉有点像。你知道,他们在琥珀里发现了苍蝇,上面有恐龙的DNA,这是一个令人难以置信的事件,它告诉了你很多事情。

爱——真的。实际上,我们在西伯利亚的一个同事,在这些隧道里,我们在那里的时候,他一直在吹着侏罗纪公园的主题曲!这是非常合适的。

评论

如果你能把鸟的翅膀(或任何动物的肢体)连接起来,看看它是否仍然有效,你就可以做一个;搬家之类的,知道吗?

添加注释