肺炎克雷伯菌是一种机会致病菌。它是一种细菌，可以在脆弱的人群中引起感染，导致皮肤、血液和呼吸系统问题。对碳青霉烯类所谓的“最后一线抗生素”具有耐药性的克雷伯菌菌株正在欧洲的医院里传播。欧洲因这些抗生素耐药性感染而死亡的估计人数从2007年的约300人增加到2015年的2000多人。来自威康桑格研究所的索菲亚·大卫通过分析来自32个欧洲国家的1700名患者的基因样本来研究这种传播。她带凯蒂·海勒参观了他们所做的工作……
索菲亚:所以我们研究的关键发现是，欧洲大多数耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌感染是医院内传播的结果。我们还表明，医院之间的传播，特别是在同一国家的医院之间的传播，也在这些细菌的传播中发挥了重要作用。
凯蒂:那么你是否可以推断出这些关系，因为你知道这些不同菌株之间的关系?
索菲亚:没错。因此，我们发现两个样本在遗传密码方面非常接近，而且它们也来自同一家医院接受治疗的患者，这给了我们一个非常强烈的迹象，表明传播可能发生在同一家医院。
凯蒂:那么，为什么这些耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌会在医院里传播呢?
索菲亚-在医院内，抗生素的使用相对较高，产生了一种选择压力，因此对抗生素最耐药的细菌将最有可能在这种环境中生存。
凯蒂-所以他们本质上是最适合的。
索菲亚:没错，这样他们在这种环境中是最适合的。
凯蒂:这些菌株在人与人之间传播，这是否意味着卫生或感染控制可能是部分原因?
索菲亚:没错。因此，这项发现建议改善感染控制，卫生措施，更仔细地监测患者从一家医院转到另一家医院;这些措施可能会产生关键影响。我要强调的是，这些非常耐药的细菌感染的数量仍然很低。
凯蒂-你需要多长时间才能确定某人感染了这种类型的碳青霉烯抗性菌株?
索菲亚:一般来说，医院从病人身上采集样本，然后从实验室得到结果，可能需要几天的时间。这确实是社区内的一个目标，是为了开发快速测试，而不是花几天的时间，我们可以在几小时内得到结果。全基因组测序可能会在这方面发挥重要作用。但目前我们仍然需要在实验室培养这种细菌。这是我们进行DNA测序之前的主要限制因素。
凯蒂:就直接影响而言，有感染控制方面的问题;我想我们需要更多的抗生素，新的抗生素会陆续上市。从更长远的角度来看，你能想象这样一种情况吗?例如，医院已经知道了任何一周都要注意的五大抗生素耐药菌株?
索菲亚:没错。因此，与其像现在这样只有少数几个测序中心，我设想这些中心将会更加广泛，而且医院确实能够进行自己的测序和分析。是的，他们确实会意识到他们所在地区的流行菌株，然后能够，例如，标记出他们以前没有见过的新菌株。所以要达到这一点还有很多功要做。
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