在污水中发现COVID变体

随着我们从封锁中走出来，密切关注COVID-19可能再次抬头的地方，以及观察可能能够避开我们疫苗的病毒变体的出现，将是保持国家发展的关键。大多数科学家都认为，以这样或那样的形式进行大规模测试至关重要。但是我们怎样才能做到不麻烦，不繁琐，不昂贵呢?英国国家生物标准与控制研究所的研究人员发现，他们可以使用……我们丢进下水道的东西…作为一种敏感的方式来跟踪COVID在人群中的活动，并发现我们担心的变种的早期出现。它源于一个现有的项目，利用污水来筛查小儿麻痹症;克里斯·史密斯采访了该游戏的主脑之一哈维尔·马丁。

哈维尔-有早期证据表明，在受感染者的粪便样本中存在高浓度的病毒遗传物质。因此，由于我们一直在对废水样本中的脊髓灰质炎病毒进行监测，我们认为我们可以调整我们的技术来检测导致COVID的病毒。

克里斯-所以你已经在为小儿麻痹症做这件事了?

哈维尔:是的。多年来，是的。

克里斯-这是否意味着-不要太挑剔-只是走进污水处理厂，然后说，“我能有一个从下水道流出的东西的样本吗，拜托?”

哈维尔:我们很幸运，因为我们已经做了很多年了，所以我们每个月都会定期从污水厂提供样品。所以我们有流感大流行之前和期间的样本可供研究。

克里斯:那么，大概是这个瓶子来了，它是来自全国不同地区的废水;你如何处理它?

哈维尔-是的-你清除任何固体可能在那里，通过使用过滤器浓缩颗粒，如病毒。

克里斯-
你收集的是整个病毒，还是这些病毒的遗传信息?

哈维尔-我们不确定它们是否是活病毒。我们认为它们没有传染性，它们可能是某种程度上受损的颗粒，但它们包含的遗传物质足以检测到它。

克里斯-你可以把遗传物质拿出来读出来，对吗?

哈维尔:是的。

克里斯:你能检测到变异这样的东西吗?如果你能读懂遗传密码，这是否意味着你基本上可以发现一种变异，或者发现变异的速度，比如，当感染在全国传播时，一种变异是如何增加其数量的，或者一种变异是如何出现的?

哈维尔:是的。我们试图量化废水中遗传物质的数量;还有测序，这样我们就可以识别那些与变异相对应的突变，从而监测它们。

克里斯-这么做有什么意义?你为什么认为这有用?

哈维尔:我认为这将有助于了解这些病毒是如何在人与人之间相遇的，也可能建立早期预警系统，防止这些变异在人群中占主导地位。同样，你发现的水显然是人们排泄的东西，所以你不会因为临床样本的抽样而有偏见;它们也代表了无症状感染，所以对正在发生的事情有更详细的了解。

Chris -我想有一个限制是，这是多么的敏感。因为如果你最后看到它，可以说，病毒学上的马已经逃跑了，在一个特定的城镇已经爆发了，它不会真正增加任何东西;然而，如果这可能是一个早期预警信号——几乎是煤矿里的金丝雀——你得到了一种变体即将到来或即将爆发的早期预警，那么这将是非常强大的。

哈维尔-是的，你说得对。敏感是关键。你可以增加样本的数量，增加频率，也可以在一些地区进行更有针对性的社区监测，比如，你发现了新的相关变异。所以你可以选择更小的监测区域来提高采样的灵敏度。

Chris -你显然跨越了我们看到像肯特变体这样的东西出现的时间。那么，在做这些实验的过程中，你是否能够看到它作为雷达上的一个光点出现，然后开始占据主导地位?

哈维尔:是的，自11月初以来，我们已经在废水样本中看到了这种变体。所以当时，从临床样本来看，这还不明显。然后，这种变体的比例非常好地增长——实际上，从那时起，呈指数增长——到1月底几乎达到100%。

Chris -所以看起来确实有使用这个的前景，它可以对即将到来的威胁提供提前预警。

哈维尔:是的，确实如此。事实上，我们设计的方法也可以检测到那些在巴西和南非首次检测到的变异，这些变异非常令人担忧，包括一些我们知道似乎会影响疫苗效力的突变。