将数据融入虚拟现实

快上来!让自己沉浸在人体t细胞中……
2022年2月21日

采访

LUME的Alex Spark和Alex Kitching

VR_CELL

人体细胞的VR图像

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Anoushka Handa采访了纳米技术公司LUME的联合创始人Alex Spark和Alex Kitching,展示了他们使用虚拟现实技术来查看超分辨率显微镜数据的新方法。

Anoushka -我和LUME的创始人见了面,这是一家总部位于伦敦的虚拟现实公司,我和Ed用虚拟现实头盔对人类t细胞进行了成像。LUME是一家纳米成像软件公司,专门从事超分辨率显微镜和3D超分辨率显微镜数据的可视化。但什么是虚拟现实?

Alex S - VR是指你处于一个完全虚拟的环境中。你可以虚拟地与一切事物互动。你的眼前有两个屏幕,给你3D立体视觉,并投射到一个完全数字化的环境中。

Alex K -在传统意义上玩电子游戏时,你有一个控制器,你通过电视屏幕看着你的角色,而你实际上是在玩电子游戏。所以当你看起来正确的时候,你的角色也会看起来正确。

Anoushka -我能进入这个本周早些时候为我成像的人类t细胞吗,

亚历克斯-这边走,

Anoushka -好的,我要戴上耳机了。打开了,控制器在哪里。好吧。我想我找到了。那么我首先要做什么呢?

一个控制器放在左手,另一个放在右手。它们的背面有拇指触觉反馈和触发器。它有点像Xbox控制器,但分成两半。

Anoushka -我去给牢房装东西。我猜是菜单。那么这个单元格呢?

亚历克斯-是的。加载数据。然后点那个单元格。

Anoushka -哦,哇。真是太快了。我花了几秒钟才站起来。这个大概有一百万个定位。现在在这个区域我能做什么?

Alex S:首先要做的就是绕着它走一圈,检查一下。我们做了很多工作,以确保VR绝对不会让你感到晕动病。这样你的动作就完全流畅了。

Anoushka -我要试着穿过这个牢房。这太不可思议了。我可以看到手指,就像Ed告诉我的这些微绒毛从细胞里出来,看起来非常漂亮。

所以你可以抓住,移动单元格,绕着它旋转。您可以根据您想要的任何维度为单元格上色,不仅仅是X、Y和Z维度,还有强度或帧。你也可以进入更多的分析部分,你可以选择,例如,数据的手指。然后你可以进入脚本然后在你选择的区域上运行特定的分析脚本。

Anoushka -我试着捕捉这一根手指。这有多容易?因为如果我在屏幕上做这个,用一个手指是比较困难的。

你为什么不试一试呢?

Anoushka -好的。正确的。我要在菜单上找找看能不能弄明白。我想我明白了。酷。好吧。现在我可以分析孤立的数据了吗?

亚历克斯:是的。而且速度也会非常快。

Anoushka -我可以用这个做很多事情。有可视化、分割、探索和分析。这是四个。所以我基本上可以把这个细胞放在我的手掌里,也可以站在它中间。

Alex S:我认为有趣的是,因为你是在虚拟现实环境中,你可以根据自己的喜好把数据变大或变小。

Anoushka:太好了。所以你可以直接把我们成像的细胞扔到周围……有些危险的。

Alex S -是的,你不会想扔掉有价值的数据。

Anoushka:你们是如何开始使用VR作为一种可视化技术的?

Alex K -我们在科学博物馆见到了Steven Lee教授,他在那里展示了他们在超分辨率显微镜方面的工作。我们看到了他们的作品,认为仅仅看这些巨大的三维细胞点云结构,仅仅使用海报是相当平淡的。我们认为我们可以通过我们的虚拟现实体验,让这些东西变得栩栩如生。

Anoushka -它能显示什么屏幕不能显示的东西?

Alex S:如果你有三维数据,那么在2d屏幕上看,你可能会有一个遮挡,这样你就可以让数据覆盖数据,所以你看不到它后面。而在虚拟现实中,你可以看到这一点,因为你有两个稍微不同的视角,你可以在它周围移动,这样你就可以在它周围旋转,这样你就可以感知它的三维本质。

Anoushka -我们如何利用虚拟现实来实现我们的科学优势?

Alex K -我认为你可以用两种方式来使用它。在我们的案例中,我们经常使用它来尝试揭示数据中隐藏的见解。因此,通过分析它,并使用虚拟现实作为一种媒介,真正深入挖掘数据。但我认为另一种方法是让人们更紧密地联系在一起,围绕这些极其复杂的数据进行合作。我认为在教育合作中有很多不同的应用,而虚拟现实是一个很好的媒介,或者这些联系以数字方式发生。

Anoushka -我觉得戴上VR套件并在这个令人难以置信的牢房里走动非常神奇,但我一直对VR有点怀疑。它只是一个流行词,还是人们真的沉浸在这个概念中?

Alex S:我认为肯定有一些人在向VR宣战。我指的是著名的马克·扎克伯格,他在2015年向公司内部发布了一份新闻稿,说我们将彻底转变整个公司,到2025年,一切都将在虚拟现实中实现。

Alex K -也许是马克·扎克伯格所描绘的戴着VR的世界。我觉得我们还没到那个地步。

Anoushka -但我想苹果今年晚些时候会推出一款VR头显。你认为这会对大众有很大的卖点吗?

Alex K -这是广泛采用的第一步。这对我们和所有已经在这个领域占有一席之地的人来说都是件好事。

朱莉娅:好的。我现在得到了吹嘘,这是非常酷的。

Anoushka -我知道!

朱莉娅:你能做的那四件事是什么?

Anoushka -所以这四件事是可视化的。所以你可以看数据,你可以在数据周围走动,你可以在周围看一看,并与他人分享你的经验。探索,也就是在细胞中行走,摆弄细胞,把它变大,变小,在你的手掌中,把它扔来扔去。不过没那么多。分割,你从细胞膜上裁剪,也许是Ed提到的特定的手指,然后最后分析,你在分析这些手指,孤立的数据,或者整个细胞。你可以用不同数量的脚本来实现。

朱莉娅:很明显,你站着不动,就像一个静止的牢房。你认为在未来,有可能有一种方法,我们可以在一个活的,有活动的,移动的细胞里,我们可以观察细胞的功能。

Anoushka:嗯,有可能。我认为我们能用超分辨率数据做的是,我们能及时加载单元格。所以你可以看到这些荧光染料及时出现。我想来自LUME的Alex和Alex都提到过有不同的维度你可以在X, Y, Z时间,强度中加载单元格这是供人们随意摆弄的。

朱莉娅:不错。下一个你想走进哪个标本?你已经完成了t细胞。你的下一个目标是什么?

Anoushka:我认为有很多东西,细菌可以很好地观察神经元,但我想首先,我希望能够在脑组织中走动。我认为这将是非常强大的,特别是对于影响很多人的许多神经系统疾病。所以阿尔茨海默氏症,帕金森氏症,我认为对我们的功能有更多的了解是非常令人兴奋的。

朱莉娅:当然了。尤其是那些有遗传病的人,他们的基因会影响细胞上的蛋白质你可以标记他们,看看大脑中到底有什么不同,然后全身心地投入其中,我认为这很神奇,但对你来说,全身心地投入是什么感觉?

Anoushka:说实话,这是一次奇妙的经历,对于了解我们身体的未来以及我们的工作方式也非常令人兴奋。就像列文虎克做的那样,但在细节上更细致。

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