肺癌追踪

从小鼠到人类，本月慈善机构英国癌症研究中心宣布了他们自己的雄心勃勃的项目，对800多名肺癌患者的肿瘤样本进行基因测序，并追踪它们在治疗后如何随时间进化。人们希望这项名为TRACERx的研究将彻底改变科学家对肺癌遗传缺陷的理解，并揭示更多关于肿瘤进化和所谓的“肿瘤异质性”的信息，即单个患者体内的癌细胞可能具有不同的基因组成。以下是该项目的负责人查理·斯旺顿教授与英国癌症研究中心的格雷格·琼斯的谈话。

查理:那么，我们将研究肺癌，主要是非小细胞肺癌是如何随时间变化的以及它们的时空变化如何给我们提供一些关于潜在的新治疗策略的见解。因此，我们从过去一两年的工作中认识到，肿瘤不仅仅是单一的实体，而是由多个不同的亚克隆组成，这些亚克隆可能混合在一起，也可能在空间上分开。我们也意识到肿瘤是随着时间而进化的。因此，肿瘤生物学的空间和时间方面是我们目前所采用的许多测序方法都没有考虑到的。主要是因为所涉及的成本，而且，我认为现在人们意识到肿瘤比我们最初想象的要明显地多样化。

所以，TRACERx的想法，即通过治疗追踪癌症进化，我们要求原发性非小细胞肺癌患者同意这项研究，这将使我们能够获得任何多余的肿瘤物质，病理要求，手术后，这些是原发性可手术肺癌患者，然后我们将对每个肿瘤进行多种测序方法，以确定每个区域的共享突变以及每个区域的不同异质突变。

如果病人不幸遭受疾病复发或转移性疾病，我们会询问病人是否愿意进行进一步的活检，这样我们就可以将活检部位与转移性疾病进行比较。所以，最初的主要问题是问，随着时间的推移，疾病是如何变化的，为了更好地理解转移性疾病的生物学，为了更好地理解对治疗的耐药性，最终，想出更好的临床方法来治疗这种疾病，阻止它的发生。

格雷格:你能解释一下为什么从你将要生成的数据量来看，这将是一项如此巨大的任务吗?

查理:我们对850个病人的肿瘤进行了测序，但我们不仅仅是对一个肿瘤进行了测序。我们在疾病过程中对每个肿瘤的6、7甚至8个编码外显子组进行测序。现在，一个编码外显子组大约有5000万个碱基对，我们的测序深度在这些研究中是相对前所未有的——500个所谓的X覆盖。因此，如果你考虑到这一点，再加上我们在许多区域测序的肿瘤数量我们在每个肿瘤内测序并比较原发性和转移性状态，我们谈论的需要或要求可能是6拍字节的数据存储。这相当于在一个X覆盖范围内对42,500个全基因组进行测序，以便真正掌握单个肿瘤的多样性。

凯特-刚才是英国伦敦癌症研究所的查理·斯旺顿教授。