Covid-19大流行现已进入第三个年头，好像我需要提醒任何人一样!但这一时间表意味着我们能够纵向观察这场大流行，以及病毒如何变化，以及我们对它的反应如何演变。当梅根·加勒特在西雅图的弗雷德·哈钦森医院工作时，她对人们在自然感染和接种疫苗后产生的抗体反应很感兴趣……
梅根:这是在人们接种SARS冠状病毒疫苗的第一天。我们想知道，人们对疫苗产生的免疫反应是否与人们对病毒本身产生的免疫反应相似。病毒能否像逃避感染引发的抗体一样逃避疫苗引发的抗体?
克里斯:你怀疑会有不同吗?
梅根:是的。我们怀疑可能会有区别，主要是因为人们被感染了，他们不只是接触到病毒表面的分子。感染会带来很多东西，而当你刚接种疫苗时，你只会得到信使rna来单独制造蛋白质。
克里斯-那你是怎么做的?
梅根:我最初的毕业项目是研究艾滋病毒。在这种情况下，我们建立了一个噬菌体库，在这种情况下展示了各种各样的HIV蛋白质。然后，我们可以使用这个文库并将其与抗体混合在一起，你可以看到它们在哪里结合。就在我发表那篇关于艾滋病毒的论文时，流行病来了。我们想，“让我们建一个图书馆吧。与其对抗艾滋病毒，不如让它对抗SARS冠状病毒。”所以，这是一个包含了所有刺突蛋白片段的文库，不仅如此，它还包含了所有的片段和一个突变。这是SARS冠状病毒上刺突蛋白所有可能的单一突变的文库。
Chris -因此你可以问，当一个人对疫苗做出反应而另一个人真正接触到这种疾病时，他们各自的反应识别的是哪种病毒?
梅根:没错。然后，我们的文库还允许我们更深入地研究，“好吧，这是抗体结合的地方，但是什么样的突变，什么样的单一突变，会导致结合丧失?”这就精确地指出了，“什么是潜在的逃跑地点?”
克里斯:很明显，这告诉了我们一些关于变异的信息——那些可以从目前这一代疫苗中逃脱的变异——它们可能走向的方向。
梅根:没错。它显示了我们免疫系统的弱点，以及病毒可能利用、变异和逃逸的地方。
Chris -当然，会有一些变化是病毒永远无法做到的，因为如果它做到了，它就会停止像SARS冠状病毒2那样运作。
梅根:对，没错。关于我们的文库，有一件事是它展示了每一个可能的突变，但它不区分可行的突变，可能存在于病毒上的突变，以及永远不可能存在的突变，因为在那个点上的突变只会导致蛋白质完全分解或失去功能。它确定了潜在的逃逸突变，但后续研究也很重要，看看，“好吧，这种突变可能导致逃逸，但病毒真的能产生这种突变吗?”这是下一步。
Chris -当你比较接种了当前一代疫苗的人与感染了当前一代变体的人的反应时，你会发现什么?出现什么?
梅根:我们看到了一些非常有趣的差异和意想不到的东西。当我们观察接种疫苗的人时——我们也碰巧有一些严重感染的人的样本，住院的人，我们也有一些轻度感染的人的样本——对我们来说有趣的是，接种疫苗的人和严重感染的人之间的结合模式看起来非常相似。如果你观察轻度感染的人，他们有完全不同的结合模式。因此，出于某种原因，接种疫苗的人和严重感染的人会产生抗体，这些抗体会结合到相同的区域，这对我们来说真的很有趣。
这就是为什么接种了疫苗的人，我们看到的是一种普遍趋势，可能仍然会被感染，但90%的情况下他们不会患上严重的疾病。
梅根:我不知道这是不是直接原因。我们的假设是，当你受到严重感染时，当你接种疫苗时，你会接触到大量的抗原;你只是被它淹没了。当你的身体产生抗体时，它被给予了更多的抗原，所以它会产生针对不同区域的抗体而不是只给予一点抗原。这只是我们的假设，因为这是严重感染的人和接种疫苗的人之间的相似之处:他们只是注射了大量的抗原。
克里斯:研究人员开始更多地谈论的一件事是COVID疫苗2.0，正如他们所说的那样。我们可以通过找到在出现的菌株和变体中似乎不变的外壳部分，来想出某种泛冠状病毒疫苗。你认为它的前景是什么，你是否发现了一些可能是很好的竞争者来尝试加强对这些特定区域的免疫反应?
梅根:最终，如果我们现在不这样做，我们可能会朝着制造一种针对更保守区域的疫苗的方向发展。这就是发生在流感上的事情，人们试图将目标锁定在更保守的库存地区。它和尖峰上的S2区域很相似，也很保守。它有很多相同的功能。流感领域花了数年时间才发展到，“我们应该针对这些保守地区接种疫苗。”我认为我们已经意识到，在SARS冠状病毒2的早期，我们需要这些疫苗，它们效果很好，但我们现在更多地考虑，“让我们以更深思熟虑的方式来做这件事。”我认为这将是下一代的疫苗。
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