被忽视的新冠病毒基因

可以预见，这场大流行导致了关于COVID主题的科学论文的大量增加。一些期刊报告说，他们的投稿率上升了百分之百。但是，我们所做的科学是全面的，还是有一些石头一直没有被翻过?西北大学的托马斯·斯托格(Thomas Stoeger)发现，在涉及COVID疾病的遗传学时似乎就是这种情况，正如他向克里斯·史密斯(Chris Smith)解释的那样……

托马斯:美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)整理了一份精美的资料，每份出版物都会告诉其他科学家，该出版物中有哪些基因。我们对所有关于COVID-19的出版物进行了过滤。

克里斯-嗯，有很多出版物不是吗?我的意思是，我们从来没有在一个特定的主题上看到过像这样的海啸。因此需要写多少篇论文?你最后考虑了多少基因?

托马斯:我们考虑了10000份出版物，当时出版的所有东西。我们观察了20000个编码人类基因的蛋白质，我们在出版物中发现了大约4000个。

Chris -好的，我们这里有一份不断受到攻击的所有基因的列表你大概知道人类基因组中有多少基因，所以你可以问人类基因组中的每个基因在冠状病毒感染的背景下被谈论的频率是多少?

托马斯:当然。

Chris，我猜第一个目标是ACE 2的基因，也就是血管紧张素转换酶2的基因，这是病毒用来与我们自身结合并进入并感染的目标。这是一个合理的猜测吗?

托马斯:完全正确。所以这里基本上是发表论文最多的地方。

克里斯:接下来呢?

托马斯-它是编码蛋白质的基因，从一个细胞到另一个细胞发出病毒感染的信号。

克里斯-这对我们有什么帮助?你为什么要这么做?因为人们可能只需要在数据库中查找一下，看看是否在冠状病毒的背景下研究了某个特定的基因，然后再进行研究。那你到底想说什么?

托马斯-我们在寻找意料之外的东西。因此，最受欢迎的药物是非常值得期待的，这非常令人放心，因为这意味着科学家们在COVID-19的背景下做了一些很有意义的事情。但随后，我们将这4000个基因中的其余部分与COVID-19生理学进行了比较，这让我们感到惊讶。自从人类基因组计划以来，有可能做一些实验来一次查询我们的基因，例如，在感染COVID-19后，所有在活动中上升或下降的基因。我们考虑了一些这样的实验。总的来说，这是另一个2000个基因的列表。我们发现这4000个基因和这2000个基因很少重叠。所以最上面的基因有点重叠，但在COVID-19文献中的4000个基因中的大多数，它们在这2000个基因中没有代表，有非常有力的证据表明它们与COVID-19有关。

克里斯:嗯，这是一个非常惊人的发现，不是吗?因为你所说的是，当你问某人感染冠状病毒时，哪些基因实际上变化很大，然后问，这些是我们正在研究的基因吗，你会发现有一些罕见的例子，我们忽略了它们。

托马斯:当然。

克里斯:哦，天哪!

托马斯-但是没有人知道这些基因在COVID-19的背景下到底在做什么

Chris:我们是如何以这种方式结束的呢?我们把注意力集中在4000个基因上，但却潜在地忽略了另外2000个可能起着非常重要作用的基因，它们与我们关注的4000个基因不重叠。

托马斯:科学真的很难，人们一次又一次地发现，科学家们一开始会揭示那些最不困难的发现。沿着这些思路，我们发现在COVID-19文献中发表的基因是已经可以通过20世纪80年代和90年代存在的方法进行很好研究的基因。

克里斯-这就像一个大型的拼字游戏，不是吗?一旦有人开始在黑板的一个地方写下一些字母，每个人就会跳到那个地方，在那个地方创造出大量的单词。这意味着棋盘上还有其他肥沃的部分经常被低估，这就是这里发生的事情。你认为我们是否需要更多像你这样的研究当我们有这样一个正在进行的课程来强调肥沃的地区这样人们的注意力就会重新集中在他们可能错过的事情上?

托马斯-我相信这是谜题的一部分。我们当然希望像我们这样的研究能够激励进一步的研究，实际上也为他们自己的探索提供了其他的研究起点。

克里斯:那你觉得我们该怎么做呢?我们是否需要有一个常规的项目来接近基因空间，就像你在这篇论文中所做的那样，这样我们就能不断提醒那些被忽视或低估的基因景观的可能部分，这样人们的注意力就会集中在那些可能有收获的领域?

托马斯:当然。这是我的希望。在COVID-19之外，已经有一些举措开始探索我们知道对疾病很重要的一些基因，但没有人跟进。但是，与研究人员可以从其他地方获得的大量支持相比，这些倡议仍然相形见绌。