冠状病毒:27个PCR检测中有7个存在不匹配

自从大流行开始以来，每当有人接受冠状病毒检测时，几乎总是使用一种叫做PCR的东西。这台机器寻找病毒本身的遗传密码，并将其与作为模板的“基因序列”进行比较，这样它就能说，“是的，这是真正的SARS-CoV-2”。但最近的一项分析发现，许多被广泛使用的模板实际上不再与冠状病毒的版本匹配。也就是说，它的基因发生了微小的突变，因此一些检测可能会遗漏它——这被称为“假阴性”。Phil Sansom听取了研究作者Kashif Aziz Khan的意见……

我们研究的27个测试中有7个与病毒基因组不匹配。不一定是错的，因为不是每一次错配都会导致假阴性，但它们是有可能的。特别是某些测试是在疫情爆发早期开发的，当时只有很少的序列可用。在我们的研究中，我们使用了17000个序列。所以这个测试还有改进的空间。

菲尔-这似乎是个大问题，不是吗?你认为这可能会错过多少冠状病毒病例?

Kashif:与其他因素相比，很难给出这些不匹配的具体数字，但估计有高达30%的假阴性。我们不能把所有的假阴性由于不匹配。其中一个主要因素是采样时间，但我认为部分原因可能是这些不匹配。

菲尔-这些是寻找病毒的测试，什么遗传密码?

Kashif -是的。这些被称为聚合酶链反应。在PCR中，DNA被扩增。在冠状病毒的情况下，它是RNA，所以我们将RNA转化为DNA，然后用PCR扩增DNA。

Phil -你是说那些PCR测试，他们是在寻找病毒的遗传密码，它的RNA。实际上病毒现在看起来完全不同了。

我不会说所有这些测试都没有检测到病毒，或者病毒现在完全不同了，但有一些小的变化。这些小的突变，我们不应该担心因为不是所有的突变都是坏的。这些都是小变化。它还没有发展成一个单独的菌株。

为什么有27种不同的测试?

在疫情爆发的早期，世界各地不同的国家组织开发了某些测试。除了我在文献中发现的这27种，还有许多其他的由不同的商业制造商正在开发。

菲尔-你发现27个不匹配的球中有7个，它们现在被用在哪里?

Kashif -实际上，大多数都在世界各地使用。就像其中一个被广泛使用的测试一样，它有一个不匹配的地方。所以我们需要改进它。这就是我们的建议。此外，许多不同的国家正在使用商业测试。对于这些，我不能把它们包括在我的研究中因为这些测试的信息是不可用的。

这也适用于聚合酶链反应测试以外的测试吗?因为我知道人们肯定对寻找更快或更便宜的东西感兴趣。

卡西夫:所以这适用于任何分子测试，即使它不是聚合酶链反应。如果测试的目标是精确的区域，我们可以检查该区域的变化程度。这就是这项研究的目的，把这些信息放在那里。我们有一个易于使用的管道，任何人都可以在普通电脑上使用，因为我们使用的都是开源的自由软件。

菲尔-这就是你想要传达的信息。你是说，来找我，检查你是否在找正确的病毒片段。

Kashif -是的。